Stage Analyse intégrée multi-omique des flux d’antibiorésistance dans les STEP corrélation des données chimiques, microbiologiques et génomiques

Le stage est à pourvoir au sein de l'équipe Monitoring et Caractérisation Biologique (MCB)

Titre du stage : Analyse du rôle des STEP dans les flux d'antibiorésistance à l'échelle des bassins versants

Dans le contexte marqué par l'urgence de lutter contre l'antibiorésistance (AR), de nouvelles exigences européennes imposent une surveillance des STEP >100 000 EH au regard de leur qualification comme points chauds de convergence des eaux usées chargées en bactéries résistantes, bactéries pathogènes et en résidus d'antibiotiques. Le/la stagiaire aura pour mission de développer une stratégie d'exploitation des données existantes (chimie, microbiologie, génomique) pour analyser le rôle des STEP dans les flux d'antibiorésistance à l'échelle des bassins versants et identifier les facteurs déterminants de cette propagation.. L'objectif est de compiler et structurer ces données hétérogènes, puis d'établir des corrélations entre les paramètres opérationnels et les données biologiques pour identifier les facteurs clés influençant les flux d'antibiorésistance. 

Missions principales : 

• Recherche bibliographique : Réaliser une revue de la littérature sur l'antibiorésistance dans les STEP et les bassins versants, la gestion des données (format, métrique en lien avec la réglementation européenne)

• Compilation et structuration des données : Collecter, organiser et harmoniser les données existantes (chimie, microbiologie, génomique) et leurs métadonnées associées

• Analyse de corrélations : Corréler les données de séquençage avec les analyses chimiques et microbiologiques pour identifier les relations entre paramètres et comprendre les mécanismes de transfert horizontal de gènes

• Valorisation des résultats : Développer des visualisations et synthèses permettant d'interpréter le rôle des STEP dans les flux d'antibiorésistance à l'échelle des bassins versants