Au sein de l’équipe Monitoring & Caractérisation Biologique (MCB) de la Direction des Expertises Scientifiques et Technologiques (DEST), vous conduirez une étude de faisabilité visant à optimiser la préparation et l’analyse d’échantillons contenant de faibles quantités d’ADN en vue de leur séquençage long-read.
Vous évaluerez les étapes clés du processus, de la préparation des échantillons à l’analyse des données, afin d’améliorer la qualité et la fiabilité des résultats obtenus.
Missions principales :
- Réaliser une revue bibliographique des méthodes de préparation et d’analyse d’échantillons à faible quantité d’ADN, ainsi que des applications du séquençage long-read en microbiologie environnementale et/ou industrielle,
- Elaborer et optimiser un protocole expérimental couvrant les principales étapes de la préparation de librairie et du séquençage et évaluer différents stratégies permettant d’améliorer la qualité de la données obtenues,
- Comparer les performances du séquençage long-read avec celles de méthodes ou d’approches de référence pertinentes (séquençage short read, qPCR ou la dPCR,...),
- Analyser, interpréter et synthétiser les résultats expérimentaux, pour évaluer la robustesse, la reproductibilité, la sensibilité et la spécificité de la méthode,
- Rédiger des rapports scientifiques écrits et présenter des exposés oraux à l'équipe DEST et aux parties prenantes des unités commerciales,
- Formuler des recommandations claires pour un éventuel déploiement de la méthode ou pour un développement R&D ultérieur.
Nous vous proposons un stage de 6 mois à compter de la mi février 2027.